Si è insediato all'Inter all'inizio del 2019, e in pochi mesi è riuscito a dare una ripulita ad uno spogliatoio fin troppo anarchico. Riuscire a cedere in una sola sessione di mercato Radja Nainggolan, Ivan Perisic e Mauro Icardi sembrava impossibile. Eppure, seppur in prestito, l'ex DG bianconero è riuscito a piazzarli tutti e tre.
Beppe Marotta inoltre, ha centrato anche l'obiettivo di ingaggiare Antonio Conte e di effettuare un mercato capace di fornire al tecnico salentino una rosa più competitiva. Tutti passaggi necessari e che erano già stati preventivati. Parola di Fabrizio Biasin che in un suo editoriale per Tuttomercatoweb ha scritto:
“A suo tempo Marotta mi disse: 'C’è molto da fare, ma so cosa va fatto'. Ha scelto il tecnico, il team manager, ha “ripulito” lo spogliatoio, ha portato nel medesimo spogliatoio tanta esperienza in più: non è abbastanza per dire 'l’Inter vincerà' ma è abbastanza per dire 'avete mantenuto le promesse'”.